El Instituto se concentra en tres grandes áreas temáticas como ejes principales que determinan sus actividades. En esos temas se pretende dar atención a ministerios, instituciones descentralizadas (públicas y privadas), y a otras dependencias interesadas en el desarrollo sostenible a nivel regional.

1.Servicios Ambientales: fomentar la comprensión sobre los servicios ambientales de los ecosistemas y los procesos de implementación de Pago por Servicios Ambientales para apoyar la conservación de la biodiversidad.

Promover un efecto multiplicador del mecanismo de Pago por Servicios Ambientales sobre los procesos de desarrollo social sustentable, impulsando su aplicación en actividades productivas y de infraestructura social.

2. Daño Ambiental: fomentar la comprensión sobre el Daño Ambiental y los métodos propuestos para la evaluación biofísica y económica del daño ambiental ocasionado en proyectos de desarrollo.

Apoyar procesos orientados a la consolidación institucional y social de la gestión del Daño Ambiental como mecanismo para el resguardo de la calidad y cantidad de los ecosistemas naturales que favorecen el nivel de bienestar de la sociedad.